1、塔里(li)木河：突(tu)厥語(yu)，“（注入(ru)湖(hu)泊(bo)和沙漠的(de)）河水(shui)支流”；維語(yu)，“脫韁的(de)野馬”

2、伊犁(li)河：準噶爾蒙(meng)古語，“光明顯達”。

3、喀什河：伊犁河支流。維吾爾語，“眉毛”。

4、特克斯河(he)：伊犁河(he)支流。蒙古語，“野山羊眾多的河(he)”。

5、鞏乃斯(si)河：蒙古語(yu)，“踏地有(you)聲”。

6、木扎爾特河：突厥語，“冰(bing)河山口”。

7、霍爾果(guo)斯河：中(zhong)哈界河。蒙古語，“糞(fen)蛋”。

8、阿克蘇河(he)：維吾爾(er)語，“（水）流吧”或“白水河(he)”。

9、蓋孜(zi)河(he)：從帕(pa)米爾(er)高(gao)原發(fa)源。柯爾(er)克(ke)孜(zi)語：“分水嶺(ling)”。

10、和田河：古代尉遲（部落）名(ming)。一(yi)說為蒙古語，“玉的(de)村邑(yi)”。匯(hui)入塔里(li)木河。

11、玉龍(long)喀什河(he)(he)：和田河(he)(he)支流。突厥語，“白(bai)玉河(he)(he)”。

12、喀拉喀什河：和(he)田河支流。突厥語，“黑玉河”、“烏玉河”。

13、克里雅河：維吾爾語“來而未定”或(huo)“村落、村鎮”。流入塔克拉瑪干沙漠中。

14、安迪爾河，在民豐縣(xian)，維吾(wu)爾語，“河邊的河”。

15、瓦石峽河，在若羌縣，維吾爾語(yu)，“繁華”。

16、車(che)爾臣河(he)：古代漢語名，不詳。

17、喀拉(la)米蘭(lan)河，在且末縣境內，“喀拉(la)”，維吾爾語，“黑色”；“米蘭(lan)”，蒙古語“米勒(le)”，意思是：“駿馬(ma)奔馳(chi)的地(di)方(fang)”。

18、葉爾羌(qiang)河(he)(he)：突(tu)厥語，“朋友(you)的(de)村鎮(zhen)”、“崖上的(de)城市”。匯入塔里(li)木河(he)(he)。

19、喀(ka)什噶爾河：突(tu)厥(jue)語，玉石集(ji)散地。匯入塔里(li)木(mu)河。

20、克孜勒蘇河(he)：突厥語，“紅色的(de)水”。

21、托(tuo)什(shen)干河(he)：維(wei)吾(wu)爾(er)語，“兔(tu)子河(he)”。阿(a)克(ke)蘇河(he)的(de)上游。

22、吐(tu)曼河(he)，在(zai)喀什(shen)市內，維吾爾語，“霧河(he)”。

23、庫車河，古吐火(huo)羅語，現代維吾(wu)爾語為“白”、“明亮”。

24、開都河：準噶爾蒙(meng)古語，“曲(qu)折”。

25、孔雀(que)河(he)：維吾爾語稱為(wei)“昆(kun)其(qi)”，意為(wei)“皮匠”或(huo)“干涸的河(he)”。

26、額(e)爾齊斯河(he)：中國惟一(yi)流入北(bei)冰洋的河(he)流。突厥語，“河(he)流湍急”。

27、青(qing)格里河：蒙古語(yu)，“娛樂”。

28、烏倫古河(he)：蒙古語，“斑白(bai)的河(he)灣(wan)”。

29、布爾津河：蒙古語，“放公駝(tuo)的(de)人”。匯入額爾齊斯(si)河。

30、禾木河：布爾(er)津(jin)河的支流，蒙古語(yu)，“駱駝(tuo)肩背”。匯入布爾(er)津(jin)河。

31、哈(ha)納(na)斯河：“哈(ha)納(na)斯”，蒙古語，“陡峭(qiao)”。也有人說是“圣水(shui)”，說法不一。匯入(ru)布爾津河。

32、哈巴河，蒙古語，一(yi)種小魚(yu)，也叫(jiao)“葫蘆片魚(yu)”。

33、塔(ta)斯提河：哈薩(sa)克語，“多石(shi)的河”

34、額(e)敏河，蒙古(gu)語，“馬(ma)鞍形（的河）”。

35、和布克河(he)，蒙古語，“梅(mei)花鹿”河(he)。

36、博爾塔拉河：蒙古語(yu)，“灰(hui)色的草(cao)原”。

37、烏魯木齊(qi)河：蒙(meng)古(gu)語，優美的牧場。

38、阿拉溝：蒙(meng)古語，為一（可治(zhi)病(bing)的）藥材(cai)之名。水量大時進入(ru)艾丁湖。

39、呼圖壁河：蒙古語(yu)，“吉祥”。流入沙漠。

40、瑪(ma)納斯河：蒙古語，“巡(xun)邏者”。流入(ru)瑪(ma)納斯湖(hu)。

41、奎屯河：蒙古語，“寒冷(leng)”。